Ja paredzēta darbība, kuras īstenošana saskaņā ar Valsts vides dienesta lēmumu var būtiski ietekmēt Eiropas nozīmes aizsargājamo dabas teritoriju (Natura 2000), bet kura nav minēta Likuma Par ietekmes uz vidi novērtējumu  1. pielikumā un kuras īstenošanai nav jāveic ietekmes novērtējums, tās ietekmi uz Eiropas nozīmes aizsargājamo dabas teritoriju (Natura 2000) novērtē saskaņā ar atsevišķi noteiktu kārtību, ko nosaka 2011.gada 19.aprīļa Ministru kabineta noteikumi Nr.300 “Kārtība, kādā novērtējama ietekme uz Eiropas nozīmes īpaši aizsargājamo dabas teritoriju (Natura 2000)”.

Lēmumu par Ietekmes uz NATURA 2000 teritorijas novērtējuma piemērošanu pieņem VVD RVP sākotnējā ietekmes uz vidi izvērtējuma procesā, vai VPVB var iekļaut prasību veikt ietekmes uz NATURA 2000 teritoriju novērtējumu IVN procesā, tādā gadījumā IVN Programmā tiek ietvertas arī prasības ietekmes uz NATURA 2000 teritoriju novērtējumam.

Pēc Lēmuma par ietekmes uz NATURA 2000 teritoriju novērtējuma piemērošanu, Jāpieprasa VPVB nosacījumi, ar kādiem veicams ietekmes uz Natura 2000 teritoriju novērtējums.

Saskaņā ar šiem nosacījumiem un MK noteikumos Nr.300 ietvertajām prasībām veic novērtējumu un tā rezultātus apkopo Ziņojumā.

60 dienu laikā pēc darbības ierosinātāja ziņojuma par ietekme uz Eiropas nozīmes īpaši aizsargājamo dabas teritoriju (Natura 2000) saņemšanas VPVB izsniedz atzinumu par ziņojumu.

Ja paredzētās darbības veikšanai saskaņā ar likumu “Par īpaši aizsargājamām dabas teritorijām” nepieciešams saņemt Eiropas Komisijas atzinumu, VPVB atzinumu sniedz 45 dienu laikā pēc Eiropas Komisijas atzinuma saņemšanas.